液相色譜儀的品牌、種類很多，各家的使用方法也不盡一樣，主要看你是那一款的液相色譜儀，當初購買設備時，廠家的工程師會培訓使用方法。液相色譜儀與結構儀器的聯用是一個重要的發展方向。液相色譜-質譜連用技術受到普遍重視，如分析氨基甲酸酯農藥和多核芳烴等；液相色譜-紅外光譜連用也發展很快如在環境污染分析測定水中的烴類，海水中的不揮發烴類，使環境污染分析得到新的發展。
液相色譜儀的使用方法：
內容：
1  開機
1.1  打開電腦。
1.2  打開液相色譜各個模塊的電源。
1.3  雙擊桌面“儀器—聯機"，進入聯機界面。
1.4  排氣：
1.4.1  手動旋開泵處沖洗閥（逆時針旋轉約1圈）。
1.4.2   右鍵單擊“泵"圖標區域，選擇“方法…"選項，進入泵編輯畫面，設流速：5ml/min（一般為3－5ml/min），點擊“確定"。
1.4.3  右鍵單擊“泵" 圖標，點擊“控制…"選項，選中“ON"，點擊“確定"，則系統開始沖洗，直到管線內（由溶劑瓶到泵入口）無氣泡為止，（一般為5分鐘），切換通道繼續沖洗，直到所有要用通道無氣泡為止。
1.4.4  右鍵單擊“泵" 圖標，點擊“方法…"選項，設流速：0ml/min，手動旋緊沖洗閥。
1.4.5  右鍵單擊“泵"圖標，點擊“方法…"選項，按照方法要求選擇合適比例的流動相，設流速：1.0ml/min。
1.4.6  同理右鍵單擊“柱溫箱"，“檢測器"圖標，點擊“方法…"選項，按照方法的要求設置溫度，波長，點擊“控制" 選項，“ON"打開柱溫箱和檢測器。
2  編輯方法
2.1  點擊“方法"－“編輯完整方法"開始編輯完整方法。
2.2  選中除“數據分析 "外的三項，進入下一選項卡。
2.3  方法信息：在“方法注釋"中加入方法的信息（如：This is for test?。?。進入下一選項卡。
2.4  泵參數設定：在“流速"處輸入流量， 如1.0ml/min，停止時間：如10 min（該停止時間僅為做一個樣品需要的時間），按照要求選擇合適比例的流動相配比，如乙腈：水＝75：25，A為水，B為乙腈，則設置B：75％即可。進入下一選項卡。
2.5  自動進樣器參數設定： 選擇“洗針進樣"----可以輸入進樣體積和洗瓶位置，進入下一選項卡。
2.6  柱溫箱參數設定： 在“溫度"下面的空白方框內輸入所需溫度，如：40度。進入下一選項卡。
2.7  UV檢測器參數設定： 在“波長"下方的空白處輸入所需的檢測波長，如254nm。點擊確定。
2.8   在“ 運行時選項表 "中，選中“ 數據采集"，點擊“確定"。
2.9  從“方法"菜單，選中“方法另存為…"，輸入一方法名，如“測試"，點擊“確定。
3  單次采集
3.1  從“運行控制"菜單中，選擇“樣品信息"選項，選擇合適的路徑，在“數據文件"中選擇 “前綴/計數器"，輸入樣品瓶的位置，點擊“確定"。
3.2 基線平穩后約10分鐘，從“運行控制"菜單中選擇“運行方法"。
4  多次數據采集
4.1  按照步驟2 編輯完整方法。
4.2  點擊“序列"－“序列表"，輸入“樣品瓶"“樣品名稱"，“進樣次數"，選擇合適的“做樣方法"
4.3  點擊“序列"－“序列參數"，選擇序列數據的保存路徑（序列會自動生成以“序列名稱－時間"為名稱的文件夾保存數據），數據建議以選擇 “前綴/計數器"保存。
4.4  從“序列"菜單，選中“序列另存為…"，輸入一序列名，如“測試"，點擊“確定。
4.5  從“運行控制"菜單中選擇“運行序列"。
5  數據分析（脫機狀態使用）
5.1  雙擊“儀器 —脫機"圖標 進入的脫機畫面。
5.2  從“視圖"菜單中，點擊“數據分析"進入數據分析畫面。
5.3  從“文件"菜單選擇“調用信號"，選中您的數據文件名。點擊“ 確定"，則數據被調出。（如預建立標準曲線，應先打開濃度較低的標樣圖譜。）
5.4  做譜圖優化：從“圖形"菜單中選擇“信號選項"。從“范圍" 中選擇“滿量程" 或“自動量程" 及合適的時間范圍或選擇“自定義量程" 調整。反復進行，直到圖的比例合適為止。點擊“ 確定"。
6  積分：
6.1  從“積分"菜單中選擇“積分事件"選項，選擇合適的“斜率靈敏度"，“峰寬"，“zui小峰面積"，“zui小峰高"。點擊 ，自動加載積分參數。
6.2  點擊左邊“√"圖標，將積分參數存入方法并退出“積分事件"。
6.3  如積分結果不理想，則修改相應的積分參數，直到滿意為止。
7  標準曲線
7.1  點擊“校正"－“校正設置"，輸入“含量單位"。
7.2  點擊“校正"－“新建校正表"，點擊確定。輸入“化合物名稱"和“含量"，點擊“確定"，按照提示刪除其他組分。
7.3  至此完成單級校正，如要增加校正級別，應從“文件"菜單選擇“調用信號"，選中您的數據文件名（第二個標樣），點擊“校正"－“添加級別"，點擊確定，輸入“含量"，依次增加校正級別。
8  打印報告
8.1   從“報告"菜單中選擇“設定報告"選項，點擊“定量結果"框中“定量"右側的黑三角，選中“外標法"，其它選項不變，點擊“ 確定"。
8.2  從“報告"菜單中選擇“打印報告"，則報告結果將打印到屏幕上，如想輸出到打印機上，則點擊“報告" 底部的“打印"鈕。
8.3  點擊“文件"－“另存為"－“方法"，把數據分析方法保存，下次分析可直接在“文件"－“調用"－“方法"下，將該方法調出使用。（調用的方法中含有積分方法，標準曲線方法和打印報告方法）
9  關機
9.1  關機前，先關紫外燈，用相應的溶劑（甲醇或乙腈）充分沖洗系統大約30分鐘。（色譜柱zui終應保存在甲醇或乙腈中）
9.2  退出化學工作站，依提示關泵，及其它窗口，關閉計算機。
9.3 關閉Agilent 1260各模塊電源開關。
10  其它注意事項
10.1 當樣品運行時，切勿打開自動進樣器前遮蓋，否則進樣過程停止。
10.2 系統發生漏液時，機器會檢測到并停止進樣，狀態指示燈為紅色。檢查擦干并安置好漏液處，擦干漏液傳感器，單擊ON按鈕，系統重新初始化。
10.3 注意紫外燈使用壽命，切勿來回開關紫外燈。
液相色譜法只要求樣品能制成溶液，不受樣品揮發性的限制，流動相可選擇的范圍寬，固定相的種類繁多，因而可以分離熱不穩定和非揮發性的、離解的和非離解的以及各種分子量范圍的物質。與試樣預處理技術相配合，HPLC所達到的高分辨率和高靈敏度，使分離和同時測定性質上十分相近的物質成為可能，能夠分離復雜相體中的微量成分。隨著固定相的發展，有可能在充分保持生化物質活性的條件下完成其分離HPLC成為解決生化分析問題zui有前途的方法。由于HPLC具有高分辨率、高靈敏度、速度快、色譜柱可反復利用，流出組分易收集等優點，因而被廣泛應用到生物化學、食品分析、醫藥研究、環境分析、無機分析等各種領域。