具體從使用角度來看，普通凝膠成像系統(tǒng)可以應(yīng)用于分子量計(jì)算，密度掃描，密度定量，PCR定量等生物工程常規(guī)研究。

（1）分子量定量

    對(duì)于一般常用的DNA膠片，利用分子量定量功能，通過對(duì)膠上DNA Maker條帶的已知分子量注釋，自動(dòng)生成擬合曲線，并以它衡量得到未知條帶的分子量。通過這種方法所得到的結(jié)果較肉眼觀察估計(jì)要準(zhǔn)確很多。

（2）密度定量

    一般常用的測(cè)定DNA（脫氧核糖核酸）和RNA（核糖核酸）濃度的方法是紫外吸收法，但它只能測(cè)定樣品中的總核苷酸濃度，而不能區(qū)分各個(gè)長(zhǎng)度片段的濃度。利用凝膠成像系統(tǒng)和軟件，現(xiàn)將DNA膠片上某一已知其DNA含量的標(biāo)準(zhǔn)條帶進(jìn)行密度標(biāo)定以后，可以方便的單擊其他未知條帶，根據(jù)與已知條帶的密度作比較，可以得到未知DNA的含量。此方法也適用于對(duì)PAGE蛋白膠條帶的濃度測(cè)定。

（3）密度掃描

    在分子生物學(xué)和生物工程研究中，zui常用到的是對(duì)蛋白表達(dá)產(chǎn)物占整個(gè)菌體蛋白的百分含量計(jì)算。傳統(tǒng)的方法是利用的密度掃描，但利用生物分析軟件，結(jié)合白光照射的凝膠成像獲取圖片，就能完成此項(xiàng)工作。

（4）PCR定量

    PCR定量主要是指，如果PCR實(shí)驗(yàn)擴(kuò)增出來的條帶不是一條，那么可以利用軟件計(jì)算出各個(gè)條帶占總體條帶的相對(duì)百分?jǐn)?shù)。就此功能而言，與密度掃描類似，但實(shí)際在原理上并不相同。PCR定量是對(duì)選定的幾條帶進(jìn)行相對(duì)密度定量并計(jì)算其占總和的百分?jǐn)?shù)，密度掃描時(shí)對(duì)選擇區(qū)域縱向掃描曲線圖并積分。

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